东城王死后由他的兄弟扶余隆继位是为百济第二十五代国王“武宁王”，武宁王继位以后立刻对杀了自己哥哥占据着加林城的芍加进行了报复，武宁王亲率大军到达“牛头城”后派遣解明讨伐谋逆之臣芍加，此战大获全胜芍加被俘被斩首，为了发泄心中对于芍加的怒火，武宁王将他的尸首投到了白江里，武宁王正式恢复了百济王室对于国家的控制，摆脱了从盖卤王死后数十年的外臣掌权的时代。
武宁王继位后立刻对高句丽展开了疯狂的报复行为，在他继位的第二年就开始出兵高句丽，可以讲应该是达到了自己的战略目地，因为在第三年高句丽派靺鞨进攻百济的“高木城”，被武宁王击退。但是靺鞨贼心不死在武宁王六年再一次进攻高木城并且攻占了高木城，杀死了百济六百名士兵，百济为此在高木城的南部修建了“长岭城”以防备高句丽和百济可能的入侵。武宁王十二年（512）百济连续攻占了百济的加弗城和圆山城，武宁王这下子怒了你高句丽这是摆明了跟我百济过不去啊，亲率三千军队在苇川以北与高句丽对峙，高句丽一看你百济兵马不多就轻敌了，怎知武宁王这三千可都是精锐，所以一战下来百济大获全胜击退了高句丽企图灭亡百济的野心。虽然高句丽曾经一度占领了原来的高句丽国都汉城，但是百济随后又收复了汉城，为了保卫汉城的安全百济又在汉城的北部修建了“双岘城”，来保卫汉城的安全。说完战争咱们在说说外交，外交上武宁王积极与南朝“朝贡”，史书记载在武宁王十二年（512）谴使去南朝梁朝贡，武宁王二十一年（521）南梁等武宁王为“持节都督、诸军事镇东大将军、百济王”的称号，这个称号可以讲由于百济的前几代国王朝贡之路被高句丽阻挡而一直没有得到，终于在武宁王时期所恢复，武宁王二十三年驾崩。
武宁王死后由他的儿子扶余明继位是为百济第二十六代国王“圣王”，圣王继位后高句丽企图趁虚而入，整好趁着武宁王办丧事的日子进攻百济来到了坝水，圣王得知高句丽的进攻立刻派出左将志忠率领一万兵马将高句丽击退。为了抵御高句丽野蛮的入侵百济一方面加固熊津城的防御，一方面积极与新罗谴使交好，圣王七年（529）高句丽的安藏王亲率大军攻打百济，圣王立刻命令佐平燕谟率领三万大军阻击高句丽的军队在五谷原大败，死伤了两千余人。圣王十六年（538）由于上一次被高句丽痛扁了一顿以后将都城迁到了泗枇（今韩国忠清道扶余市），并改国号为“南扶余”，圣王越想前边战败越来气就想报复高句丽，所以在圣王十八年（540）的时候命令将军燕会进攻高句丽的“牛山城”但是没有成功。圣王二十六年高句丽阳原王与陌人合谋攻打百济汉山以北的“独山城”，百济立刻向新罗请求援助，新罗王派出朱珍领兵三千支援百济一举大破高句丽的侵略军。这时期百济与新罗同盟并且趁着高句丽与突厥作战的时候攻克了高句丽的十六个郡，新罗占了十个，而百济占了六个。不仅如此圣王还向新罗国王请求联合出兵攻打高句丽的国都“平壤城”高句丽一看这不行现在的局势对我大大的不利，我现在跟突厥打仗，得分化一下南边那哥俩的矛盾，别等这我这头跟突厥打的头破血流之际他把我平壤占了，所以高句丽许诺将新罗侵占高句丽的京畿道和黄海道的土地正式承认所有权以换取新罗撤兵，新罗同意了高句丽的请求，等于百济这边被新罗狠狠地玩了一把，这也使的后来新罗和百济的关系发生破裂。
新罗在圣王三十一年（553）年入侵百济的东北部领土，设置了“新州”管辖此地，这可惹恼了百济，于是圣王在三十二年（554）出兵报复新罗大军行至狗川（今韩国忠清道沃川郡）派遣太子扶余昌为先锋大将进攻“管山城”，但是圣王心中非常忧虑就想以“劳军”之名去管山城去见扶余昌，不料途中被新罗伏兵所杀。这场战争《三国史记》记载很模糊，但是日本的《日本书记》确是记载的很详细，在圣王三十一年的冬十二月份，圣王派遣“扞率”向倭国上表奏曰：臣明及在安罗的倭国使臣和任那国等奏：以新罗无道，不畏惧倭国天皇，欲将海北之地尽数划归新罗的统治范围内，狼子野心其心可诛，请求上国派兵速速征伐新罗。天皇得知百济欲征伐新罗后承诺明年的六月份出兵帮助百济征讨新罗，命令在倭国出兵之前百济王明率先出兵攻打新罗，圣王于是与十二月九日攻打新罗攻占了新罗的“汉山城”，新罗得知圣王赶来的时候设计就将圣王俘虏了并且将其斩首，圣王死后新罗将尸身还给了百济，而将头颅泄愤，杀了圣王后新罗欲继续出兵百济，但是新罗的一个大臣就对新罗王谏言说道：百济与任那皆是日本的藩属国，若是苦苦相逼必然得罪倭国天皇，所以没有继续出兵，此事作罢。
圣王在位之时百济积极与南朝梁和倭国交好，被南朝梁封为“持节都督、诸军事绥东将军、百济王”的称号，而积极与日本交好，《日本书记》记载圣王将佛教传播进了日本，并帮助倭国的天皇逐渐寺庙，并且向倭国传入了医师、学者等等技术人员，客观上帮助了日本传播中原文明，虽然《日本书记》作者对这本书严重持怀疑态度，里边写的高句丽、百济、新罗、伽耶都是日本的藩属国等等，而且一口“天朝上国”的口气，但是里边内容有用的也基本说明了百济圣王在位时期对于日本的文化传播做出过突出的贡献，这一点上也是历史不容抹杀的功绩。
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