第二场攻防，发生在细胞表面。除非这层磷脂双分子层外的探头确认来者在“准入名单”内，不然任何大分子的外物都会被阻挡在这一层。黑光病毒虽然名声在外，但它依旧是一种传统意义上的病毒而不是病毒大小的破坏机器，即使对细胞来讲，它也太小了……既不可能像普通民众想象的那样钻进细胞中，也不可能像硕大强健的细菌那样划破细胞膜进入其中。
不过，在几十亿年的较量中，病毒早就进化出了特殊的进入细胞方式——它们表面的触角上携带着伪造的准入许可，能够愚弄细胞膜上的守门员，让细胞膜打开通道让它们长驱直入……这个变形过程被称为“胞吞”。
特定病毒只能感染特定生物，这是因为很难有病毒能携带足以愚弄非宿主生物细胞守卫者的信息，但人工培育的、针对人类的黑光病毒，显然是愚弄人体细胞的专家，就这样，病毒大军再次长驱直入，进入了细胞中。
第二战，黑光病毒再次完胜。
第三场攻防，已经处于细胞之内。生物的基本组成单位面对病毒并非毫无抵抗之力，阿尼的细胞更是如此，细胞表层之下，有被称为核内体的结构，它会将被细胞胞吞进来的包括病毒在内的大分子捕获，在内部强酸性环境下将其分解为细胞所需的各种原材料……
这一道关卡对所有外来者一视同仁，黑光病毒终于无法再蒙混过关，一场惨烈的大战拉开序幕，大量的病毒在核内体中被分解成碎块，又有大量的病毒依靠外壳下准备好的破坏性化学物质腐蚀核内体外壁冲出其中奔向细胞核……黑光病毒对核内体的破坏力是普通感冒病毒的五六倍，但阿尼细胞活力高达390，细胞内大部分结构的强度都是普通人的十几倍，这细胞内的第一场硬碰硬的防御战终于取得成效，99.9%的黑光病毒被消灭在这一阶段，只有少数的幸运儿成功地在友军掩护下击穿核内体外壁，重获自由。
第三战，防线在血战后被击穿，但绝大多数的病毒已经被消灭，只剩下最后一支部队，直捣黄龙冲向细胞核。
长城之内，再无大规模的抵抗。但第四场防御来自细胞内部的战略纵深——尽管病毒此时距离细胞核只有零点几微米远，但从比例上来讲，它想要到达并占领细胞核，就像一个瞎子想在没有导航设备、无法分辨方向、不认识路也无法问路的情况下从渤海湾登录准确地行军到北京并攻占它一样，最难的是，这个人还身体残疾——病毒本身没有多少行动能力，而细胞内的线粒体亦不会向其提供能量。
这是一个几乎不可能完成的任务，所以病毒需要帮助。它再次使用起了自己伪装欺骗的能力：利用伪造的通行证，愚弄细胞内的搬运工人——动力蛋白，使其误以为病毒是某种细胞核所需的大分子蛋白，从而与其结合，将它们带向细胞深处。
如果说与病毒进行战斗的是人体自我防御的军队，那这些动力蛋白就是人体内进行建设的工人。细胞活力高只是让这些“工人”变得更强健了些，但非防御单位再强也无法识别病毒，在这些愚蠢工人的帮助下，入侵者再次踏上前往细胞核的旅程。
人体的结构远比普通人想象的要精妙，大部分细胞本身就是一个完整的生命体系，在动力蛋白的帮助下，病毒们攀附在细胞内的一根根微管上，沿着这些细胞内的物流路线顺利地接近了细胞核，但到这一步为止，至少这个细胞还没有失去抵抗能力——第五道防线分布在这些细胞内的公路两旁，这些微管边上还有一些特殊的蛋白质，它们的任务，就是监测过路的所有大蛋白分子，一旦发现异常，比如表面粘附着少量抗体，或是体积大小和形状异常，它们就会紧紧地粘附到病毒表面，向最后一支防御军队标示出敌人位置，并发出“向我开炮”的讯号。
最后一支防御军队，那些被称为蛋白酶体的回收组织，收到讯号后会立刻赶到现场，开始分解这个“异常的大蛋白分子”，即病毒。
这一关和核内体那一道防线一样，因为细胞核无法利用任何未分解的大蛋白，所以蛋白酶体对目标的分解也是不分敌我，只要异常就彻底摧毁的，在这里，病毒再次遭受考验，这一次它们的对手比病毒本身还要小，黑光病毒们除了依靠结构强度抵抗分解外，没办法进行任何反抗，除了少数漏网之鱼外，击穿核内体防线到达这里的病毒中，再次有99%被这最后一关拦住，被分解成了无阵营的小蛋白质。
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颠覆一个国家需要大量人力物力，同样，感染一个细胞也需要海量的病毒，但最终只要有一个到达细胞核，这场战役它们就胜利了。
只有不到十万分之一的病毒能最终到达细胞核，但病毒们依靠着巨大的基数攻陷了大量细胞，它们面临最后一关考验——细胞核膜很厚且不会进行胞吞，只有其上的核孔可以用来进出，但核孔是用来接收小分子蛋白质或化学信息素的，虽然病毒能愚弄细胞核让其接纳自己，但它太大了以至于无法进入……
普通的病毒也许还要在这里折腾一阵，但黑光病毒轻而易举地打破了这最后一层防护——它们在细胞核外溶解掉了自己的外壳，释放出了这场战争至关重要的东西——病毒DNA。
细胞核是细胞的控制中心，储存着人体的蓝图即人体DNA，它时时刻刻注意着人体的指令，人体需要什么蛋白质，细胞核内的生物机器就会从长长的DNA链条上检索出生产这种蛋白质所需要的原料和合成方法，将信息传向细胞的其他部位，让蛋白质工厂生产这些蛋白质供人体使用。
……
就和动力蛋白一样，细胞核内的所有结构都是“工人”，它们无法分辨人类DNA和病毒DNA的区别，这其实也很正常，所有生物都有一个主线，所以不同生物的DNA结构都是一模一样，就像一段代码一样，你不完全理解甚至运行它们，你不会知道这段代码是恶意还是正常的程序……细胞核将病毒DNA当成了人体发来的信息，迅速开始运作。
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