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机器大帝，因为尼奥在锡安虚拟世界引发的变数，而不得不活跃起来。
它的意志与作为母体管理员和代表的母体之父“设计师”、母体之母“祭师”紧密相连，因此它所做的一切，也可以看作是这两位大拿间接做的。
故而，最近一些时间母体之父的注意力基本上就存在机器大帝那一边的。
可是，现在意外的警报，让母体之父又再一次注意到了尼奥，那个失控的不稳定因素。
最近，这个尼奥似乎使用了不知名手段直接越过了防火墙，对母体进行入侵并直接从里面捞人。
这让母体之父已经多次升级了防火墙，这也使得尼奥入侵难度越来越大，或许也因此让尼奥意识到这样下去不行，这才回醒过来应该救墨菲斯了。
至于锡安虚拟世界？那个已经被尼奥控制了核心的虚拟世界，连机器大帝现在也只能被动了，更别提单单只是母体之父了。
说实话，尼奥的存在是必须的，但现在却成了一个难以处理的家伙。
若是能够销毁的话，母体之父早就自己动手了。
可惜不能，从电影原著中就可以得出这个结论来。
现在，尼奥要来救走人质墨菲斯了，母体之父也不知道应不应该全力派出人手去，毕竟他可是清楚这个救世主程序是如何觉醒的。
一旦打击过头了，把尼奥真的干掉了，反倒是会让尼奥觉醒成为真正的救世主程序的。
最后，母体之父决定不作为，先按照原本的计划来做算了，就当尼奥没有变异。
现在，母体之父因为把注意力放在机器大帝的新玩具上，对尼奥的在意程度下降了，否则这一次他或许当真会亲自出手了。
若是母体之父真的出手，哪怕杀不掉尼奥，把他关起来应该还做得到的。
尼奥现在还在攻击再攻击，他还不清楚母体之父对他的态度变化了，只是还以为自己是特殊的，所以他认真再认真，反而激发了潜力，在战斗中表现得越来越强。
这一次哪怕母体之父不出手，但是因为之前尼奥的作为，使得现在这边的防御力量远远超过了电影原著，真的打起来还是很吃力的。
崔妮蒂面对似乎源源不断跑出来的警察、保安和黑衣特工，她虽说也因为代码种子有所提升，可是还是打得相当的累。
三个地球人在此，就完全只是打酱油了。
指望三个新训练出来的家伙，能够发挥多少作用，尼奥也不会那么天真。
不过，尼奥之所以带他们来此，也是源于自己的直觉，总觉得这几个特殊的人类会帮助到他。
另一边，虽然被关了时间更为长久，比电影原著中要长得太多太多了，墨菲斯却也因为代码种子的原因，使得一般的手段无法使用到他身上，被保护得好好的。
现在一旦得到了机会，他自然就跟电影原著中一般趁乱挣断了手铐，成功逃了出来。
墨菲斯是真正的精英，黑衣特工根本不应该小看他。
所有的主力都派去对付尼奥了，看守墨菲斯的人甚至比电影原著中还来得少。
让墨菲斯得到逃跑机会的，自然还是像电影原者中一样的直升机。
当时忽然一声巨响，大楼的玻璃窗被打的粉碎，紧接着子弹如同瀑布般从窗外倾泻进来，这一驾警用直升机完全把黑衣特工们一时打懵了。
不过，尼奥现在正在防御大厦大厅与那些不断从各处赶来的母体方人手战斗，那么开警用直升机自然不会再是尼奥了。